До тех пор пока вы не распределяете прибыль, налога не возникает.
Если вы решите начать платить себе зарплату, у вас возникнет походный (20%) и социальный (33%) налоги.
Если вы хотите выплатить себе дивиденды, налог на них составляет 20% с брутто-прибыли.
Если доход/оборот вашей компании за календарный год превысит 40 000 евро по сделкам с ЕС или Эстонией, у вас возникнет обязанность получить эстонский VAT-номер. В этом случае у вас будет применяться ставка в 20% или 0% в зависимости от того, кто ваш клиент.